Metode Geofisika dalam eksplorasi mineral telah memiliki sejarah sukses dalam mendeteksi mineral pada tahap awal eksplorasi terutama dalam kaitannya dengan struktur dan alterasi dari proses mineralisasi. Metode magnetik bermanfaat untuk mendeteksi anomali magnetik yang terindikasi adanya mineralisasi. Anomali magnetik dapat berasosiasi dengan alterasi mineral magnetik dalam batuan induk dalam suatu endapan hydrothermal. Metode Geomagnetik efektif digunakan dalam eksplorasi emas yang terbentuk dari batuan mafic vulkanik yang memiliki nilai magnetik yang tinggi jika dibandingkan dengan batuan felsic, metamorfik serta meta sedimen yang cendrung bernilai magnetk yang rendah. Metode Gravity merupakan metode yang dapat memetakan adanya mineral-mineral berat yang terdapat dalam batuan induk yang relatif massa jenisnya lebih ringan. Metode ini dapat memetakan anomali endapan mineral Iron Oxide Copper Gold (IOCG), bijih besi, endapan Skarn serta kuba garam yang terkait dengan jebakan minyak dan gas bumi. Metode radiometric yang diukur dari udara menggunakan mineral Potasium, Thorium dan Uranium juga merupakan salah satu metode untuk eksplorasi mineral. Radiometric anomali tinggi dapat berasosiasi dengan vein ephithermal karena adanya alterasi potassium.
Mineral deposit dikontrol oleh adanya rekahan dan patahan yang akan mempengaruhi bertambahnya porositas dari batuan induk atau host rock yang cendrung rendah nilai resistivitasnya. Proses alterasi umumnya meningkatkan porositas pada host rock selama argilization dan propylitization, tetapi sebaliiknya porositas mungkin berkurang jika yang terjadi adalah silicification. Metode Induced Polarization umum digunakan untk eksplorasi mineral sulfida. Respon polarisasi pada mineral sulfida merupakan fungsi kompleks dari elektro-kimia yang disebakan oleh adanya aliran arus injeksi. Sejumlah parameter yang mempengaruhi antara lain porositas batuan induk, ukuran butir, tingkat saturasi, density dan kandungan mineral sulfida.